Следствие утверждало, что Навальные убедили компанию «Ив Роше» заключить невыгодный контракт на транспортные услуги, чем нанесли ущерб в размере 26 млн руб. ($340 тыс.). Братья свою вину отрицали. В 2015 году Алексей Навальный заявил о выплате всех штрафов по делу «Ив Роше». В 2017 году испытательный срок политику продлили на один год. Он истек 29 декабря 2020 года, до этого срока Навальный должен был не реже двух раз в месяц приходить на регистрацию в органы Федеральной службы исполнения наказаний.

В октябре 2017 года Европейский суд по правам человека признал несправедливым суд в отношении Навального и его брата Олега и обязал РФ выплатить им более €80 тыс. компенсации. Компенсацию Навальные получили, но приговор им не отменили.

17 января 2021 года Навальный вернулся в Россию из Германии, где лечился после отравления боевым веществом класса «Новичок». Политик был в коме 18 дней. Оппозиционер считает покушение на себя террористическим актом, организованным ФСБ по приказу президента РФ Владимира Путина. Сразу после возвращения политика задержали по делу «Ив Роше» и арестовали на 30 суток.

Незадолго до возвращения Навального Федеральная служба исполнения наказаний пригрозила ему реальным тюремным сроком вместо условного. Во ФСИН заявили, что Навальный в 2020 году «систематически и неоднократно нарушал условия испытательного срока, в частности – минимум шесть раз не явился на регистрацию».

После ареста Навального в РФ начались массовые митинги. По оценке команды оппозиционера, в акциях 23 января по всей стране участвовало 250–300 тыс. человек, 31 января – 200−300 тыс. 2 февраля, в день суда над Навальным, в РФ прошли новые акции протеста, но они были не такими многолюдными.

Навального также обвиняют в клевете на ветерана Второй мировой войны. По ч. 2 ст. 128.1 Уголовного кодекса России (клевета) оппозиционеру грозит наказание в виде штрафа до 1 млн руб. (примерно $13,4 тыс.) либо лишения свободы до двух лет. Свою вину оппозиционер не признает. Бабушкинский районный суд Москвы рассматривал 5 февраля уголовное дело против Навального, но судья приняла решение отложить слушание до 12 февраля, так как «рабочий день закончился».